Çene kisti belirtileri nedeniyle diş hekimine gittikten sonra, ilk muayenede kist teşhisi koyulabilir. Diş hekimi tıbbi bir iğne yardımıyla çene kisti içindeki sıvıyı boşaltabilir.
Bu işlemden sonra aynı sorun tekrarlarsa kist cerrahi operasyonla çıkarılır. Sürecin nasıl ilerleyeceğini diş hekimi ve hasta belirler.
Kist tek parça olarak (enükleasyon) veya parça parça (marsupializasyon) alınabilir. Tek parça çıkarma işlemi lokal veya genel anestezi altında yapılır. Kist tek ameliyatta alınamayacak kadar büyükse önce boyut küçültülür, ardından bölge temizlenir.
Bu ameliyatta, bölgeye küçük bir delik açılarak önce kistin içindeki sıvı boşaltılır. Daha sonra kist çıkarılır.